Title:
Farbstoffmarkiertes Oligonukleotid zum Markieren eines Nukleinsäuremoleküls
Kind Code:
B4
Abstract:
Farbstoffmarkiertes Oligonukleotid zum Markieren eines einen Zielsequenz-Abschnitt aufweisenden Nukleinsäuremoleküls, wobei das farbstoffmarkierte Oligonukleotid folgende Komponenten aufweist: a) – einen Schleifenabschnitt, der eine zur Zielsequenz im wesentlichen komplementäre Schleifensequenz aufweist; b) – einen an einem Ende des Schleifenabschnitts angeordneten ersten Stielabschnitt mit mindestens drei Nukleosiden; c) – einen am anderen Ende des Schleifenabschnitts angeordneten zweiten Stielabschnitt mit mindestens drei Nukleosiden, wobei die beiden Stielabschnitte aneinander hybridisieren können; und d) – einen Fluorophor, der an einer Position des ersten Stielabschnitts gebunden ist; dadurch gekennzeichnet, e) dass der zweite Stielabschnitt mindestens ein Quencher-Nukleosid aufweist, welches Guanosin oder 7-Deaza-Guanosin oder 7-Deaza-Adenosin ist; und f) wobei fa) die Sequenz des ersten und zweiten Stielabschnitts, fb) die Sequenz des Schleifenabschnitts, fc) die Position des Fluorophors derart gewählt sind und fd) das Quencher-Nukleosid und der Fluorophor derart aufeinander abgestimmt sind, fe) dass im hybridisierten Zustand der beiden Stielabschnitte eine für eine Fluoreszenzlöschung hinreichende räumliche Nähe zwischen dem Fluorophor und dem Quencher-Nukleosid vorliegt, und ff) dass bei Hybridisierung des Schleifenabschnitts mit dem Zielsequenz-Abschnitt und Auflösung der Hybridisierung der Stielabschnitte keine Fluoreszenzlöschung des Fluorophors auftritt.


Inventors:
SAUER MARKUS DR RER NAT (DE)
WOLFRUM JÜRGEN PROF DIPL PHYS DR (DE)
Application Number:
DE19858588A
Publication Date:
04/07/2016
Filing Date:
12/18/1998
Assignee:
QIAGEN GMBH
International Classes:
Foreign References:
55257111996-06-11
WO1998026093A21998-06-18
Other References:
Abstract: Journal of Physical Chemistry 100 (13), 5541-5553
Chemical Abstract AN 119_258762_Photocheristry and Photobiology (1993), 58(2), 185-94
Chemical Abstract AN 124_251968_Nature Biotechnology (1996), 14(3), 303-8
Chemical Abstract AN 126_259686_Applied and Evironmental Microbiology (1997), 63 (3), 1143-1147